Isolé en bordure de forêt, le long de la route Saint-Marc, le couvent se situe à environ 2 km au dessus du village de Gueberschwihr.

A priori, il aurait été fondé en 676 par Dagobert II, dont on ne sait si lui aussi portait ses culottes pas à l'endroit.

Cette abbaye bénédictine est possession de l'Evêché de Strasbourg.

Au XIe siècle, le couvent est reconstruit, après ruinage par les envahisseurs. Comme toutes les constructions anciennes, il sera détruit et reconstruit à plusieurs reprises, le Moyen-Âge n'étant pas une période prospère.

En 1762, l'abbaye d'Ebersmunster entreprend sa restauration, et depuis 1868 il est occupé par une congrégation des soeurs charitables de Saint-Joseph.